“ร่องน้ำการเดินเรือ” หมายถึงแนวน้ำลึกของแม่น้ำหรือทะเล ที่มีความเหมาะสมในการเดินเรือ ไม่ว่าจะเป็นร่องน้ำตามธรรมชาติ หรือร่องน้ำที่เกิดจากการขุดลอก ซึ่งฝ่ายการร่องน้ำ การท่าเรือแห่งประเทศไทย คือผู้มีบทบาทสำคัญในการดูแลรักษาร่องน้ำให้มีความลึกตามมาตรฐานที่กำหนด โดยท่าเรือกรุงเทพ จะมีความลึกของร่องน้ำอยู่ที่ 8.5 เมตร ขณะที่ท่าเรือแหลมฉบัง ระยะที่ 1 และระยะที่ 2 จะมีความลึกของร่องน้ำอยู่ที่ 14 เมตร และ 16 เมตร ตามลำดับ
ฝ่ายการร่องน้ำยังมีหน้าที่ในการบำรุงรักษาทุ่น หลักนำ และอุปกรณ์ช่วยในการเดินเรือ ให้อยู่ในสภาพที่พร้อมใช้งานตลอดเวลา ทั้งยังเป็นผู้สำรวจและจัดทำแผนที่ร่องน้ำทางเดินเรือ ให้กับท่าเรือทั้ง 2 แห่งอีกด้วย จึงนับเป็นภารกิจสำคัญ ในการอำนวยความสะดวกให้เรือทุกลำสามารถผ่านร่องน้ำทางเดินเรือ และขนส่งตู้สินค้าได้อย่างปลอดภัย เพื่อเปิดประตูสู่เศรษฐกิจทางน้ำของประเทศได้อย่างมั่นคงเต็มศักยภาพ