จากที่มีฝนตกต่อเนื่องในระยะนี้ ส่งผลให้ปริมาณน้ำในแม่น้ำเจ้าพระยาและคลองสาขาที่เป็นจุดเชื่อมต่อกรุงเทพมหานครเพิ่มสูงขึ้น ประกอบกับ กรมอุตุนิยมวิทยาคาดการณ์ว่า ในช่วงปลายสัปดาห์นี้จะมีปริมาณฝนเพิ่มมากขึ้นนั้น

วันที่ 5 ต.ค.66 กรมชลประทาน ได้เฝ้าระวังและติดตามสถานการณ์น้ำอย่างใกล้ชิด พร้อมวางแผนผันน้ำจากพื้นที่ตอนบน และระบายน้ำจากฝนที่ตกเพิ่มในพื้นที่กรุงเทพมหานครและปริมณฑล โดยทางด้านฝั่งตะวันออก จะระบายน้ำผ่านสถานีสูบน้ำที่ตั้งอยู่ตามคลองต่างๆ อาทิ สถานีสูบน้ำกลางคลองหกวาสายล่าง สถานีสูบน้ำหนองจอก และสถานีสูบน้ำประเวศ และสถานีสูบน้ำท่าถั่ว ซึ่งได้มีการติดตั้งเครื่องสูบน้ำไฮโดรโฟล์เพิ่มเติม เร่งระบายน้ำลงสู่แม่น้ำบางปะกงอย่างต่อเนื่อง ทั้งนี้ ปริมาณน้ำบางส่วนจากพื้นที่ตอนบนจะไหลผ่านคลองพระองค์ไชยานุชิต ก่อนจะระบายลงสู่อ่าวไทยตามลำดับ  

ส่วนทางด้านฝั่งตะวันตก ได้ใช้คลองรังสิตประยูรศักดิ์ ในการระบายน้ำลงสู่แม่น้ำเจ้าพระยา ผ่านปตร.กึ่งถาวรปากคลองรังสิต เพื่อลดปริมาณน้ำที่จะไหลลงสู่กรุงเทพมหานคร และรองรับปริมาณน้ำจากฝนที่จะตกลงมาเพิ่ม ช่วยป้องกันน้ำท่วมในเขตพื้นที่กรุงเทพฯและปริมณฑล บรรเทาความเสียหายของพื้นที่เศรษฐกิจใหญ่ของประเทศ ตามนโยบายของรัฐบาล