ภายหลังการเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ 2 เรือพระราชพิธีถูกทำลายเป็นอันมาก เมื่อล่วงมาถึงสมัยกรุงธนบุรี สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชจึงมีพระราชดำริให้ฟื้นฟูการฝึกหัดช่างฝีมือขึ้นมาใหม่ ทรงให้สร้างเรือขึ้นใหม่ทั้งชุด แต่ส่วนใหญ่เป็นเรือที่ใช้ในการรบทั้งสิ้น เพราะในสมัยนั้นมีแต่การศึกสงคราม หลังจากทรงกอบกู้เอกราชแล้วได้ทรงให้สร้างเรือพระราชพิธีขึ้นใหม่ คือ เรือพระที่นั่งสุวรรณพิชัยนาวาท้ายรถ และเรือพระที่นั่งกราบ สมัยกรุงรัตนโกสินทร์ พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช รัชกาลที่ 1 ปฐมบรมกษัตริย์แห่งราชวงศ์จักรี เสด็จขึ้นครองราชย์สมบัติ พ.ศ.2325 ทรงตั้งพระราชปณิธานฟื้นฟูขนบประเพณี ตลอดจนศิลปกรรมงานช่างฝีมือแขนงต่างๆ ให้กลับคืนดังเดิม เรือพระราชพิธีจึงได้รับการบูรณปฏิสังขรณ์และจัดสร้างขึ้นใหม่จากเดิมอีกหลายลำโดยเฉพาะเรือพระที่นั่งสุพรรณหงส์ เมื่อพระองค์ทรงสร้างพระนครแล้วได้ทรงประกอบการพระราชพิธีบรมราชาภิเษกเต็มตามตำรา พ.ศ.2328 เสด็จเลียบพระนครทางสถลมารค เป็นขบวนพยุหยาตราใหญ่ พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จขึ้นจากเรือพลับพลาที่ท่าราชวรดิฐ ภายหลังเสด็จพระราชดำเนินกลับจากวัดอรุณราชวราราม ในการเสด็จฯโดยขบวนพยุหยาตราทางชลมารคเลียบพระนคร วันที่ 3 มีนาคม พุทธศักราช 2468 ในสมัยรัชกาลที่ 2 พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้แต่งเรือขบวนพยุหยาตราใหญ่ เสด็จฯไปถวายผ้าพระกฐิน ในสมัยรัชกาลที่ 3 พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงโปรดเกล้าฯ ให้ช่างทำเรือพระที่นั่งเพื่อประกอบขึ้นไว้เป็นเกียรติยศสำหรับแผ่นดิน ประกอบด้วย เรือพระที่นั่งเอกไชยเขียนทองแดงพื้นแดง เรือพระที่นั่งประกอบครุฑ มงคลสุบรรณ เรือพระที่นั่งเหราประกอบ สุวรรณเหรา เรือพระที่นั่งกราบสุดสายตา ฯลฯ เป็นเรือพระที่นั่งจำนวน 24 ลำ ในสมัยรัชกาลที่ 4 พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เมื่อทรงประกอบพระราชพิธีบรมราชาภิเษก วันที่ 2 พฤษภาคม พ.ศ.2394 แล้ว เสด็จฯ เลียบพระนครทั้งทางสถลมารคและทางชลมารค โดยเสด็จฯเลียบพระนครทางชลมารค วันที่ 21 พฤษภาคม มีบันทึกไว้ ขบวนเรือเตรียมแห่รับเสด็จ 6 ตอน มีเรือพระนั่งอนันตนาคราช ที่สร้างขึ้นในรัชสมัยเป็นเรือพระที่นั่งทรง และเรือพระที่นั่งรองซึ่งเป็นเรือศรีอีก 2 ลำ รวมเรือในขบวนพยุหยาตราทางชลมารคมีจำนวน 268 ลำ เจ้าพนักงานและพลพาย 10,000 คนเศษ และทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้มีการบูรณะตกแต่งเรือหลวงลำเก่าๆ และโปรดเกล้าฯ ให้สร้างเรือใหม่ขึ้นอีก 7 ลำ การจัดริ้วขบวนเรือพระราชพิธีในสมัยนี้กล่าวได้ว่ามีการจัดริ้วขบวน 2 อย่าง คือ ขบวนเรือพยุหยาตราใหญ่ทางชลมารค และขบวนพยุหยาตราน้อยทางชลมารค การจัดริ้วขบวนเรือพยุหยาตรามีการเปลี่ยนแปลงไปจากสมัยกรุงศรีอยุธยาบ้าง เพื่อให้มีความสวยงามยิ่งขึ้น อีกทั้งมีการใช้เรือพระราชพิธีถวายผ้าพระกฐิน และในพระราชพิธีลอยพระประทีป หรือปัจจุบันคือพิธีลอยกระทง ในสมัยรัชกาลที่ 5 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สร้างเรือพระที่นั่งอเนกชาติภุชงค์ขึ้น และพระองค์ทรงโปรดการเสด็จพระราชดำเนินทางน้ำเพื่อทอดพระเนตรทุกข์สุขของราษฎร์ด้วยพระองค์เอง ในช่วงปลายรัชสมัย ทรงมีรับสั่งให้สร้างเรือพระที่นั่งสุพรรณหงส์เพื่อทดแทนเรือลำเดิมที่สร้างมาตั้งแต่สมัยรัชกาลที่ 1 แต่การจัดสร้างมาแล้วเสร็จในสมัยพระราชพิธีบรมราชาภิเษก พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 ในสมัยรัชกาลที่ 6 มีการบันทึกเอกสารประวัติศาสตร์และภาพถ่ายการเสด็จพระราชดำเนินเลียบพระนครโดยขบวนพยุหยาตราทางชลมารคอย่างมีระเบียบแบบแผน วันที่ 3 ธันวาคม พ.ศ.2454 ประกอบด้วย ภาพเสด็จฯโดยทางลาดพระบาท ณ ท่าราชวรดิฐ ก่อนเสด็จพระราชดำเนินด้วยขบวนพยุหยาตราทางชลมารค เสด็จลงเรือพระที่นั่งอเนกชาติภุชงค์เป็นเรือพลับพลาเพื่อเสด็จประทับเรือพระที่นั่งสุพรรณหงส์ เป็นเรือพระที่นั่งลำทรงเสด็จขึ้นท่าฉนวนวัดอรุณราชวราราม ขบวนพยุหยาตราทางชลมารค ในรัชกาลที่ 9 ในสมัยรัชกาลที่ 7 พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว เมื่อทรงประกอบการพระราชพิธีบรมราชาภิเษกแล้ว เสด็จเลียบพระนครทางสถลมารค วันที่ 1 มีนาคม พ.ศ.2468 เสด็จเลียบพระนครทางชลมารค วันที่ 3 มีนาคม จากพระบรมมหาราชวังบริเวณท่าราชวรดิฐไปยังวัดอรุณราชวราราม และเสด็จพระราชดำเนินกลับสู่พระบรมมหาราชวังด้วยขบวนหยุหยาตราทางชลมารค ทรงพระราชทานพระบรมราชานุญาตการวางระเบียบริ้วขบวนเรือพระราชพิธีใหม่ตามแบบที่จอมพลเรือสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอเจ้าฟ้าฯ กรมพระนครสวรรค์วรพินิต เสนาบดีกระทรวงทหารเรือขณะนั้นได้ค้นคว้าโดยจัดรูปขบวนเรือจำนวนที่มีอยู่ แต่ยังคงยึดหลักโบราณราชประเพณี ในสมัยรัชกาลที่ 8 พระบาทสมเด็จพระปรเมนทรมหาอานันทมหิดล เสด็จสวรรคตก่อนการพระราชพิธีบรมราชาภิเษก ในสมัยรัชกาลที่ 9 พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ทรงประกอบการพระราชพิธีบรมราชาภิเษก วันที่ 5 พฤษภาคม พ.ศ.2493 ไม่ได้เสด็จฯเลียบพระนคร มีเพียงเสด็จออกให้ปวงชนเฝ้าฯ ที่ท้องสนามไชย อย่างไรก็ดี ในช่วงสมัยของรัชกาลที่ 9 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ฟื้นฟูจารีตประเพณีที่สืบมาแต่โบราณหลายอย่างจากที่เลิกร้างไปนับตั้งแต่ประเทศมีการเปลี่ยนแปลงการปกครอง พ.ศ.2475 หนึ่งในพระราชพิธีนี้คือ ขบวนพยุหยาตราทางชลมารค จัดให้มีขึ้นครั้งแรก พ.ศ.2500 เนื่องในงานฉลอง 25 พุทธศตวรรษ จากนั้น พ.ศ.2502 ทรงโปรดเกล้าฯ ให้ฟื้นฟูจารีตประเพณีการเสด็จพระราชดำเนินถวายผ้าพระกฐินโดยขบวนพยุหยาตราชลมารค และจัดในพิธีสำคัญวโรกาสต่างๆ รวม 17 ครั้งในรัชกาล