รัฐประหารเมื่อวันที่ 19 กันยายน 2549 เป็นการยึดอำนาจรัฐบาล ทักษิณ ชินวัตร ในขณะที่ท่านเดินทางไปประชุมสหประชาชาติที่สหรัฐอเมริกา เหตุการณ์นี้ทำให้รัฐธรรมนูญปี 2540 สิ้นสุดลง และพรรคไทยรักไทยถูกยุบ คณะกรรมการบริหารพรรคถูกตัดสิทธิทางการเมืองเป็นเวลา 5 ปี รวมถึงตัวคุณทักษิณด้วย
ผู้นำรัฐประหารในขณะนั้นคือ พล.อ.สนธิ บุญยรัตกลิน ซึ่งในฐานะหัวหน้าคณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข ไม่ได้ดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีด้วยตนเอง แต่ได้ดำรงตำแหน่งรองนายกรัฐมนตรีในรัฐบาลของ พล.อ.สุรยุทธ์ จุลานนท์
หนึ่งปีให้หลัง มีการจัดการเลือกตั้งขึ้น และ พรรคพลังประชาชน ซึ่งถือเป็นพรรคที่มีความเชื่อมโยงกับพรรคไทยรักไทยเดิม ได้รับชัยชนะในการเลือกตั้ง นายสมัคร สุนทรเวช หัวหน้าพรรค ได้รับเลือกเป็นนายกรัฐมนตรี หลังจากนั้นคุณทักษิณได้เดินทางกลับประเทศไทยในเดือนกุมภาพันธ์ 2551 เป็นระยะเวลาสั้นๆ ก่อนจะเดินทางออกนอกประเทศอีกครั้งเพื่อหลบหนีคดีความต่างๆ ที่เกิดขึ้น
เมื่อนายสมัคร สุนทรเวช พ้นจากตำแหน่ง นายสมชาย วงศ์สวัสดิ์ ได้ขึ้นดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีและหัวหน้าพรรคพลังประชาชน ซึ่งในขณะนั้นต้องทำงานนอกทำเนียบรัฐบาล เนื่องจากกลุ่มพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตยได้เข้ายึดทำเนียบรัฐบาลตั้งแต่สมัยรัฐบาลของนายสมัคร กระทั่งต่อมาพรรคพลังประชาชนถูกยุบ
นายทักษิณ ชินวัตร เดินทางกลับประเทศไทยเมื่อวันที่ 22 สิงหาคม 2566 หลังพรรคเพื่อไทยซึ่งเป็นพรรคที่อดีตสมาชิกพรรคพลังประชาชนมารวมตัวกัน และเป็นพรรคที่มีคุณทักษิณให้การสนับสนุน ได้เป็นแกนนำจัดตั้งรัฐบาลผสมข้ามขั้วการเมืองกับพรรคที่เป็นทายาทจากการรัฐประหารปี 2557 และเข้ารับการรักษาตัวที่ชั้น 14 โรงพยาบาลตำรวจ
กระทั่งวันที่ 9 กันยายน 2568 ศาลฎีกาสั่งบังคับโทษ ทักษิณ เป็นเวลา 1 ปี ในบริบทที่พรรคเพื่อไทยพลิกไปเป็นฝ่ายค้าน หลังแพทองธาร ชินวัตร ถูกศาลรัฐธรรมนูญสั่งให้พ้นจากตำแหน่งนายกรัฐมนตรี
จาก 19 กันยายน 2549 ถึง 9 กันยายน 2568 ทักษิณ ถูกโค่นอำนาจอีกครั้ง