เรื่องโรงพยาบาลรัฐขาดทุนนั้น พูดกันมายาวนานมากแล้ว แต่ระยะนี้มีเสียงวิจารณ์มากขึ้นว่าอนาคตจะถึงขั้นล้มละลายได้ทีเดียว งานบริการของโรงพยาบาลรัฐนั้น เป็นรัฐสวัสดิการ จึงต้องขาดทุนบ้างอยู่แล้ว
แต่ไม่อาจปล่อยให้ขาดทุนหนักหนาสาหัส เพราะปัญหาต่าง ๆ นานาจะตามมามากมาย จนโรงพยาบาลนั้นไม่มีประสิทธิภาพ นั่นคือ การจัดสรรงบประมาณ การกระจายเงินงบประมาณ การบริหารจัดการใช้จ่ายงบประมาณ ฯ จะต้องทำให้ดี
ปัญหาที่เกิดขึ้นจริงในระบบสาธารณสุขไทยคือการขาดทุน และขาดทุนเรื้อรังมานานจนเกิดปัญหาการขาดสภาพคล่องกันถ้วนหน้า เสียงวิพากย์วิจารณ์จากฝ่ายผู้ให้บริการคือโรงพยาบาล ก็พุ่งเป้าไปที่การบริหารงานของ สปสช. คือทุกวันนี้การแพทย์การสาธารณสุขไทยนั้นกลายเป็นสึกสงครามระหว่างกระทรวงสาธารณสุขกับ สปสช. ไปเสียแล้ว
ขณะนี้โรพยาบาลศูนย์ 18 แห่ง ขาดทุนอย่างหนักต่อเนื่อง เช่น โรงพยาบาลพระนั่งเกล้า โรงพยาบาลสระบุรี โรงพยาบาลอุตรดิตถ์ โรงพยาบาลสกลนคร โรงพยาบาลสุราษฎร์ธานี โรงพยาบาลขอนแก่น ฯลฯ และการขาดทุน มีรายได้น้อยกว่าค่าใช้จ่ายอย่างต่อเนื่องทำให้ต้องนำเงินบำรุงโรงพยาบาลมาใช้ จนกระทั่งเงินบำรุงโรงพยาบาลหมดไป แล้วหรือเงินทุนสุทธิก็หมดไปแล้วนั้น เมื่อหักหนี้สินหมุนเวียนเช่นหนี้ค้างจ่ายค่ายา ค่าไฟฟ้า ค่าน้ำ ค่าแรงแพทย์และบุคลากรทางการแพทย์ อาทิ เงิน p4p ที่แทบทุกโรงพยาบาลค้างจ่าย ทำให้เงินบำรุงติดลบ ขาดสภาพคล่องอย่างรุนแรง บางโรงพยาบาลขาดสภาพคล่องอย่างแรงและไม่มีเงินสดจะจ่ายหนี้เมื่อถูกทวงถาม เจ้าหนี้อาจฟ้องล้มละลายได้
โรงพยาบาลของรัฐโดยเฉพาะกระทรวงสาธารณสุขส่วนใหญ่มีรายได้หลักจาก สปสช. หรือบัตรทอง แต่มีเสียงวิจารณ์ว่าเมื่อบริการไปแล้วมักเก็บเงินได้เพียง 50-60% ของค่าบริการที่เรียกเก็บ และมีต้นทุนสูงประมาณ 70-80% ของค่าบริการที่เรียกเก็บ ทั้งนี้โรงพยาบาลของรัฐจึงขาดทุนมาโดยตลอด โดยเฉพาะในกระทรวงสาธารณสุขนั้นขาดทุนเกือบห้าร้อยแห่ง เพราะมีรายได้น้อยกว่ารายจ่ายและเอาเงินบำรุงมาใช้จนหมด สาเหตุหนึ่งมาจากการที่คนไทยเข้าสู่สังคมผู้สูงอายุเต็มขั้น เรียกว่าจาก aging society มาเป็น aged society แต่อีกส่วนหนึ่งเกิดจากค่าบริการที่เรียกเก็บนั้นเก็บเงินจาก สปสช. ไม่ได้จริง เพราะสปสช. ใช้ Capitation หรือการเหมาจ่ายรายหัวสำหรับการจ่ายผู้ป่วยนอก ดังนั้นผู้ป่วยจะมาโรงพยาบาลกี่ครั้ง จะอาการหนักและใช้ค่าใช้จ่ายมากแค่ไหน โรงพยาบาลก็ต้องรับผิดชอบเอง ส่วนผู้ป่วยในใช้การจ่ายค่าใช้จ่ายแบบกลุ่มรักษาโรคร่วม (Disease-related group) หรือ DRG การใช้ DRG ในการจ่ายเงินให้กับผู้ป่วยในของ สปสช คือโรงพยาบาลรายงานกลุ่มโรคมาก็จ่ายแบบเหมาราคาไปตามกลุ่มโรคร่วมนั้นๆ เช่น ผ่าคลอด จ่าย 4,000 อาจจะมีการปรับตามอาการหนักไม่หนักที่เรียกว่า adjusted relative weight หรือ Adjusted RW. การใช้ capitation สำหรับผู้ป่วยนอกและ DRG สำหรับผู้ป่วยในทำให้ สปสช ไม่ต้องรับความเสี่ยงอะไรเลย เป็นการโยนความเสี่ยงในการประกันสุขภาพทั้งหมดไปให้ผู้ให้บริการ ซึ่งจริงๆ แล้วคือผู้ถูกบังคับให้บริการ เพราะไม่สามารถปฏิเสธคนไข้ได้ แม้กระทั่งโรงพยาบาลมหาวิทยาลัยที่เมื่อคนไข้อาการหนักถูก refer มา จำต้องยอมขาดทุนย่อยยับ
เหล่านี้เป็นตัวอย่างปัญหาที่ สสปช. จะต้องอธิบายชี้แจงให้แจ่มชัดกว่าที่ผ่าน ๆ มา