วันที่ 27 ก.ย.64 มีรายงานว่า การที่ ศบค. มีมติขยายระยะเวลาการประกาศใช้พระราชกำหนดการบริหารราชการในสถานการณ์ฉุกเฉิน (พ.ร.ก.ฉุกเฉิน) ออกไปอีก 2 เดือนเนื่องจากการจัดทำโครงสร้างหน่วยงานรองรับการแก้ไขสถานการณ์การแพร่ระบาดโควิดตามการแก้ไข พ.ร.บ.โรคติดต่อแห่งชาติยังไม่แล้วเสร็จ ในเบื้องต้นโครงสร้างใหม่จะมีการตั้งศูนย์อำนวยการโรคติดต่อแห่งชาติ หรือ (ศรช.) รวมถึงการพิจารณาหาผู้มาทำหน้าที่บูรณาการงานแทน ศบค. และ ศปก.ศบค. ที่บริหารงานอยู่ในปัจจุบัน ทั้งนี้ พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี และ ผอ.ศบค. กำลังพิจารณาว่าจะให้ ปลัดกระทรวงสาธารณสุข หรือหัวหน้าส่วนราชการมาทำหน้าที่ในส่วนเลขานุการฯ เพราะสถานการณ์โควิด-19 คงไม่จบในเร็วๆนี้
นอกจากตัวบุคคลที่ต้องรับผิดชอบแล้วยังต้องดูความพร้อมของคณะกรรมการโรคติดต่อจังหวัดทั้ง 76 จังหวัด เพราะที่ผ่านมาการดำเนินการจะเป็นไปตามตามมาตรการของศบค.ใหญ่ ที่มีกฎหมายเก่าเป็นกรอบการปฏิบัติ แต่กฎหมายใหม่มีความครบเครื่องเพราะเป็นการผสมผสานระหว่างความเข้มงวด รวดเร็วของ พ.ร.ก.ฉุกเฉินฯ กับ พ.ร.บ.โรคติดต่อฯ ที่บัญญัติไว้อย่างครอบคลุม ข้าราชการในจังหวัดที่รับผิดชอบอาจไม่รู้ว่าตัวเองมีอำนาจอะไรบ้างที่เพิ่มขึ้น
นอกจากนั้นยังมีโครงสร้างของศูนย์บูรณการแก้ไขปัญหาโควิด กรุงเทพฯ และปริมณฑล ที่มีนายกฯเป็นประธาน ถ้ายุบ ศบค.โครงสร้างนี้ก็จะหายไปด้วย ดังนั้นจึงต้องอุดช่องว่าง เมื่อโครงสร้างใหม่และร่างกฎหมายเสร็จ รัฐบาลก็จะประกาศเป็นพระราชกำหนด และประกาศใช้ในทันทีเพื่อไม่ให้เกิดช่องว่าง และเมื่อเปิดสภาฯ ก็ค่อยนำให้สภาฯเห็นชอบต่อไป