ฟุตบอล ลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 รอบแชมเปียนส์ลีก ประจำฤดูกาล 2016 ได้ทำพิธีจับสลากประกบคู่ออกมาเป็นที่เรียบร้อยแล้ว โดยได้รับเกียรติจาก พล.ต.อ. สมยศ พุ่มพันธ์ม่วง นายกสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย, กรวีร์ ปริศนานันกุล ประธานฝ่ายจัดการแข่งขัน ดิวิชั่น 2 ตัวแทนจากการกีฬาแห่งประเทศไทย และผู้บริหารของ แกรนด์สปอร์ต, ช่อง NOW26 เข้าร่วมในพิธีการจับสลาก เมื่อช่วงบ่ายของวันที่ 5 กันยายน ที่ชั้น 4 ตึกการกีฬาแห่งประเทศไทย ก่อนพิธีการจับสลาก ได้มีการมอบถ้วยรางวัลชนะเลิศ พร้อมเงินรางวัลแก่ ทีมชนะเลิศ และรองชนะเลิศ จากทั้ง 8 โซน 16 สโมสร ประกอบด้วย อยุธยา วอร์ริเออร์, อยุธยา เอฟซี, ตราด เอฟซี, ฉะเชิงเทรา ไฮเทค เอฟซี, สุราษฎร์ธานี เอฟซี, นรา ยูไนเต็ด, จามจุรี ยูไนเต็ด, เกษตรศาสตร์ เอฟซี, ราชประชา, เอ็มโอเอฟ ศุลกากร ยูไนเต็ด, สมุทรสาคร เอฟซี, กรุงธนบุรี เอฟซี, อุดรธานี เอฟซี, อุบลราชธานี เอฟซี, หนองบัว พิชญ เอฟซี, กำแพงเพชร เอฟซี ผลการประกบคู่ รอบแชมเปียนส์ลีก 2016 มีดังนี้ สาย A อุบลราชธานี เอฟซี – สมุทรสาคร เอฟซี ตราด เอฟซี – ฉะเชิงเทรา เอฟซี อยุธยา เอฟซี – หนองบัว พิชญ เอฟซี นรา ยูไนเต็ด – อุดรธานี เอฟซี สาย B เกษตรศาสตร์ เอฟซี – จามจุรี ยูไนเต็ด เอ็มโอเอฟ ศุลกากร ยูไนเต็ด – ราชประชา อยุธยา วอร์ริเออร์ – กำแพงเพชร เอฟซี กรุงธนบุรี เอฟซี – สุราษฏร์ธานี เอฟซี สำหรับรอบแชมเปียนส์ลีก จะทำการแข่งขันแบบ น็อกเอาท์ รอบละ 2 นัดแบบเหย้า-เยือน หากเสมอกัน จะยึดผลกฎประตูทีมเยือน หากเสมอกันอีก จะต่อเวลาพิเศษ 30 นาที ไปจนถึงการตัดสินด้วยการดวลจุดโทษ เพื่อเข้าสู่รอบ 8 ทีม จนถึง 4 ทีมสุดท้าย โดยในการแข่งขันรอบนี้ ทีมชนะจะผ่านเข้าสู่รอบชิงชนะเลิศ ส่วนผู้แพ้จะต้องชิงตั๋วใบสุดท้ายในรอบชิงอันดับ 3 เมื่อสิ้นสุดการแข่งขัน จะได้ 3 สโมสรจากดิวิชั่น 2 เลื่อนชั้นสู่ ดิวิชั่น 1 ในฤดูกาลต่อไป กำหนดการแข่งขัน รอบแชมเปียนส์ลีก ลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 รอบแรก นัดแรก วันที่ 17-18 กันยายน 2559 รอบแรก นัดที่ 2 วันที่ 24-25 กันยายน 2559 รอบที่ 2 นักแรก วันที่ 1-2 ตุลาคม 2559 รอบที่ 2 นัดที่ 2 วันที่ 8-9 ตุลาคม 2559 รอบที่ 3 นัดแรก วันที่ 15-16 ตุลาคม 2559 รอบที่ 3 นัดที่ 2 วันที่ 22-23 ตุลาคม 2559 รอบชิงชนะเลิศ/ชิงอันดับที่ 3 นัดแรก วันที่ 29-30 ตุลาคม 2559 รอบชิงชนะเลิศ/ชิงอันดับที่ 3 นัดสอง วันที่ 5-6 พฤศจิกายน 2559