ผู้สื่อข่าวรายงานว่า เมื่อวันที่ 1 ก.ย. นายปรีดี ดาวฉาย รมว.คลัง ได้ยื่นหนังสือขอลาออกจากตำแหน่งโดยให้เหตุผลว่ามีปัญหาทางด้านสุขภาพ ทำให้นายปรีดี เป็นรมว.คลังในตำแหน่งเพียงระยะเวลา 26 วันนับจากได้รับโปรดเกล้าฯ และ 20 วันนับจากเข้าถวายสัตย์ปฎิญาณ 

โดยสาเหตุการลาออกมีรายงานว่า แท้จริงแล้วเกิดจากความขัดแย้งในการแต่งตั้งข้าราชการระดับสูงภายในกระทรวงการคลัง เริ่มจากการประชุมครม. สัญจร จ.ระยอง เมื่อวันที่ 25 ส.ค.ที่นายปรีดี เสนอเอกสารโดยระบุชื่อนายลวรณ แสงสนิท ผู้อำนวยการสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง ไปดำรงตำแหน่งอธิบดีกรมสรรพสามิต แต่ในที่ประชุม ครม.กลับขานชื่อว่าเป็นนายประภาส คงเอียด ผู้อำนวยการสำนักคณะกรรมการนโยบายรัฐวิสาหกิจ (สคร.) ทำให้นายวิษณุ เครืองาม รองนายกรัฐมนตรี ทักท้วงว่าไม่สามารถทำได้เพราะชื่อที่ขานกับเอกสารที่นำเข้า ครม.ไม่ตรงกัน จึงขอให้กระทรวงการคลังถอนเรื่องออกไปก่อน 

สำหรับเบื้องหลังการแต่งตั้งอธิบดีกรมสรรพสามิต เนื่องจากมาจากมีเอกชนรายใหญ่ในวงการที่เกี่ยวข้องกับกรมสรรพสามิต ได้ฝากชื่อนายประภาส ให้ขึ้นเป็น อธิบดีกรมสรรพสามิต กับนายสันติ พร้อมพัฒน์ รมช.คลัง ซึ่งได้นำชื่อนี้มาฝากที่พล.อ.ประวิตร วงศ์สุวรรณ รองนายกรัฐมนตรี เพื่อให้ช่วยผลักดันอีกทางหนึ่ง จึงเป็นเหตุให้มีการสลับรายชื่อในการประชุม ครม.สัญจร. จ.ระยอง ขณะที่นายปรีดี เองรู้สึกหัวเสียอย่างมาก และตัดสินใจว่า ถ้าหากตัวเองซึ่งเป็น รมว.คลัง ไม่สามารถแต่งตั้งลูกน้องที่ตัวเองเห็นสมควรได้ก็จะลาออกจากตำแหน่ง รมว.คลัง

ต่อมา ในการประชุมครม.วันที่ 1 ก.ย. นายปรีดี ได้เสนอการแต่งตั้งข้าราชการระดับสูงของกระทรวงการคลังเข้ามาอีกครั้ง โดยยืนยันตามเอกสารที่เสนอ ครม.สัญจรที่ จ.ระยอง และที่ประชุมครม.ได้เห็นชอบตามที่กระทรวงคลังเสนอ แต่นายปรีดี ยังคงตัดสินใจลาออกจากการร่วมรัฐบาล โดยที่ประชุมครม. ได้เห็นชอบให้นายลวรณ แสงสนิท เป็นอธิบดีกรมสรรพสามิต นายพชร อนันตศิลป์ อธิบดีกรมสรรพสามิต ไปดำรงตำแหน่งอธิบดีกรมศุลกากร นายจำเริญ โพธิยอด ผู้ตรวจราชการกระทรวง ไปดำรงตำแหน่งรองปลัดกระทรวง และนาง
วรนุช ภู่อิ่ม ที่ปรึกษาด้านการบริหารเหรียญกษาปณ์และทรัพย์สินมีค่า กรมธนารักษ์ ไปดำรงตำแหน่งผู้ตรวจราชการกระทรวง   ตั้งแต่วันที่ 1ต.ค. 2563 ทั้งนี้ ตั้งแต่วันที่ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมแต่งตั้งเป็นต้นไป  

ขณะเดียวกัน ผู้สื่อข่าวรายงานว่าภายหลังการประชุมครม.บริเวณทางเชื่อมตึกสันติไมตรีและตึกไทยคู่ฟ้า ก่อนที่พล.อ.ประวิตร วงษ์สุวรรณ รองนายกฯ จะเดินทางออกจากทำเนียบฯ ได้หยุดยืนคุยกับรัฐมนตรีพรรคพลังประชารัฐโดยมีนายสันติ พร้อมพัฒน์ รมช.คลัง ร.อ.ธรรมนัส พรหมเผ่า รมช.เกษตรและสหกรณ์ และนางนฤมล ภิญโญสินวัฒน์ รมช.แรงงาน เป็นเวลานานกว่า 10 นาทีด้วยสีหน้าที่เคร่งเครียด และเดินทางออกจากทำเนียบฯ ไปทันที