กรมส่งเสริมสหกรณ์ มีภารกิจหลักในการส่งเสริมและพัฒนาความเข้มแข็งให้แก่สหกรณ์และกลุ่มเกษตรกร  โดยได้กำหนดนโยบาย แผนงาน และวิธีปฏิบัติให้สหกรณ์มีระบบการบริหารจัดการที่มีประสิทธิภาพและมีความเข้มแข็งไว้อย่างครอบคลุมทุกธุรกิจที่สหกรณ์ดำเนินงาน อีกทั้งยังเป็นแนวทางป้องกันความเสี่ยงที่อาจจะเกิดขึ้นและทำให้สหกรณ์เกิดความเสียหายในสหกรณ์และกลุ่มเกษตรกร ผ่านการประเมินการจัดชั้นคุณภาพการควบคุมภายในของสหกรณ์และกลุ่มเกษตรกร ที่มีองค์ประกอบสำคัญ 4 ประการ เป็นตัวชี้วัด ได้แก่

1)  ด้านสภาพแวดล้อมของการควบคุม.
2).ด้านการประเมินความเสี่ยงและกิจกรรมการควบคุม
3) ด้านประเมินระบบข้อมูลสารสนเทศและการสื่อสาร
4).ด้านการประเมินระบบการติดตามและประเมินผล

สำหรับขั้นตอนการดำเนินการให้สหกรณ์และกลุ่มเกษตรกรมีการควบคุมภายในที่ดีมี ดังนี้
ขั้นที่ 1 การวิเคราะห์ผลการประเมินจัดชั้นคุณภาพการควบคุมภายในของสหกรณ์และกลุ่มเกษตรกรเพื่อให้ทราบสถานะและจุดอ่อนของการควบคุมภายใน 
ขั้นที่ 2 เข้าร่วมประชุมชี้แจงคณะกรรมการดำเนินการสหกรณ์และกลุ่มเกษตรกรรวมถึงฝ่ายจัดการสหกรณ์ เพื่อนำเสนอผลวิเคราะห์และร่วมกำหนดแนวทางในการพัฒนาระบบการควบคุมภายใน
ขั้นที่ 3 สหกรณ์และกลุ่มเกษตรกรดำเนินการ ตามแนวทางในการพัฒนาระบบการควบคุมภายใน โดยเจ้าหน้าที่ส่งเสริมสหกรณ์จะติดตามประเมินการปฏิบัติการในการนำแนวทางการควบคุมภายในไปใช้ของสหกรณ์และกลุ่มเกษตรกรเพื่อการปรับปรุงพัฒนาเป็นระยะๆ
ขั้นที่ 4 เจ้าหน้าที่ส่งเสริมสหกรณ์นำข้อเสนอต่าง ๆ มาปรับปรุงแนวทางการพัฒนาระบบการควบคุมภายใน พร้อมจัดทำคำแนะนำการส่งเสริมและแจ้งคำแนะนำให้สหกรณ์และกลุ่มเกษตรกรดำเนินการต่อไป 
ขั้นที่ 5 ติดตามและประเมินผลการควบคุมภายในเพื่อให้มั่นใจได้ว่ามีการนำระบบการควบคุมภายในไปดำเนินการอย่างครบถ้วน

ซึ่งการพัฒนาระบบการควบคุมภายในที่ดี  ส่งผลดีต่อสหกรณ์และกลุ่มเกษตรกรหลัก 2 ประการ คือ 
1) คณะกรรมการดำเนินการ ฝ่ายจัดการได้แนวทางการพัฒนาระบบการควบคุมภายในที่ดี ไปใช้ในการบริหารจัดการสหกรณ์และกลุ่มเกษตรกร สร้างการมีส่วนร่วมในองค์กร มีมาตรการป้องปรามและรักษาทรัพย์สิน
2) การดำเนินงานของสหกรณ์และกลุ่มเกษตรกรเป็นไปตามกฎหมาย ข้อบังคับ ระเบียบ คำสั่ง และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง ส่งผลให้การปฏิบัติงานของสหกรณ์และกลุ่มเกษตรกรมีประสิทธิภาพและประสิทธิผล เพิ่มความน่าเชื่อถือของกิจการให้เป็นที่ยอมรับของบรรดาสมาชิกและผู้ที่เกี่ยวข้อง

ดังนั้น หากสหกรณ์และกลุ่มเกษตรกรมีระบบการควบคุมภายในที่ดีจะช่วยสร้างความน่าเชื่อถือของกิจการให้เป็นที่ยอมรับของบรรดาผู้ที่เกี่ยวข้องและสร้างความเข้มแข็งในการดำเนินงานให้สหกรณ์และกลุ่มเกษตรกรมีความมั่นคงและยั่งยืนได้